Periodo precolombino (hasta 1502) En la época precolombina, el territorio de lo que es ahora Honduras tuviera estrechas relaciones con la área mesoamericana.
El sitio arqueológico mas viejo en Honduras es la Cueva de Gigante en el Departamento de La Paz. Fue descubierto por George Hasemann. La cueva tiene larga secuencia de ocupación, desde 11,500 A. C.y tiene buena preservación.
Los arqueólogos han encontrado mazorcas de maíz domesticado en contextos pre-cerámico.

Aun que hay indicios por presencia de polen de maíz en columnas de los sedimentos en el Lago de Yojoa cerca de 2400 A.C. que debe indicar que la gente ya vivía en pueblos, los primeros pueblos que tenemos en Honduras con cerámica empiecen alrededor de 1600 A.C., en el valle de Copan (en Sepulturas), y cerca de San Pedro Sula en el sitio de Puerto Escondido, en Los Naranjos en el Lago de Yojoa, y probablemente en Yarumela también. Un poco más tarde, la gente del Cueva de Talgua, que se habitó alrededor de 1000 A.C.
La parte occidental de Honduras era parte de la civilización Maya. En particular, las ruinas de Copan, cerca de la frontera con Guatemala, son muy impresionantes.
 Alrededor de Copan, por unas decenas de kilómetros, habían otros sitios Mayas, como El Paraíso, y Río Amarillo, con inscripciones y escultura Maya. La cultura Maya prosperó allá entre 250 D.C hasta 1200 D.C. pero se dejó de escribir después de 892 D.C.
La mayor parte de Honduras fue poblado por gente bien civilizado no Maya. Es bien difícil saber quienes fueron por que sus idiomas no fueron preservados en escritura como los Mayas pero deberían incluir a los antecedentes de los Lencas, los Torupanes, los Toqueguas, los Miskitos, los Payas, los Sumos, los Matagalpeños, y otros conocidos desde la temporada de la conquista española. Se encuentra ruinas precolombinas por todo el país. Algunos sitios arqueológicos se cambiaron en parques y monumentos nacionales, como Currusté, Los Naranjos, Copan, Cerro Palenque, Cuevas de Talgua, pero la mayor parte de los sitios precolombinos están en terrenos privados. Todos pertenecen al patrimonio nacional y es prohibido dañarlos.


Además de los museos en Copan, hay museos con artefactos precolombinos en Tegucigalpa (el Museo Nacional), en Comayagua (el Museo de Comayagua), en San Pedro Sula (Museo de Antropología e Historia).
La llegada de Cristóbal Colón en la bahía de Trujillo en 1502 marca el fin de la época precolombina.